Huset er i dag museum, og renoveringen til knap en million kroner betales af Kulturarvsstyrelsen, en fond og bidrag fra medlemmerne i museums-foreningen.
Mandøhuset står i dag som et skipperhjem fra 1800-tallet.
Foreningen Mandøhuset overtog huset i 1962 og gjorde det til egnsmuseum. Museet skildrer søfarten og livet på Mandø i 1800-tallet.
Under arbejdet er der fundet to gamle brønde og en gårdsplads.
