Simon Faber blev slået af den fælles kandidat fra CDU og de grønne, Elfi Heesch, der fik 25,1 procent af stemmerne.
Simon Faber fik 19,4 procent af stemmerne.
Ni kandidater var opstillet ved valget i dag, men kun de to topscorer går videre til den endelige afstemning.
Stemmeprocent blev på 27,8 procent af de 73.539 stemmeberettigede.
Overborgmesteren i Flensborg er både kommunaldirektør og borgmester.
Den nye mand eller kvinde på posten skal slås med et stort underskud i kommunekassen og en arbejdsløshed, der er mere end dobbelt så stor som i Sønderjylland, nemlig 11,9 procent.
Simon Faber er gået til valg på et tættere samarbejde med Sønderjylland, når det gælder erhverv, kultur og uddannelse.