Manden er fløjet til Rigshospitalet med andengradsforbrændinger på 97 procent af kroppen, oplyser politiet.
Han fik af uopklarede årsager 82 grader varmt over sig, da et kar tippede.
Arbejdstilsynet skal nu kortlægge hændelsesforløbet og gennemgå sikkerheden på fabrikken.
Produktionen på kagefabrikken gik i gang igen en time efter ulykken.